Teniendo en cuenta el orden de la pendiente, la orientación general del territorio, el drenaje de sus aguas, así como la presencia de la flora se observan predominante dos grandes conjuntos espaciales en Madre de Dios: la selva alta y la selva baja.
Mapa geológico de Madre de Dios. © “Atlas Departamental del Perú. Imagen geográfica, estadística, histórica y cultural”, N° 7, Madre de Dios-Ucayali, Peisa, Lima, 2003
Partiendo del oeste, a partir del límite con el departamento de Cusco, el sector de selva alta va desde una altitud de los 1.000 metros (cerros Pantiacolla y Teparo Punta) hasta los 3.932 m.s.n.m. (cerro La Merced), este último como parte del extremo más oriental de la cordillera de Paucartambo. Particularmente dentro de este sector se puede diferenciar un subconjunto: el de ceja de selva, el cual comprende sectores ubicados entre altitudes que van de los 2.500 m.s.n.m. a más y en los cuales la vegetación suele ser muy densa, además de estar cubierta por una gran cantidad de neblina y nubosidad baja.
La geología del sector de selva alta -donde se encuentra la zona arqueológica de Pusharo- se caracteriza por presentar materiales sedimentarios del Paleozoico Inferior fuertemente plegados y fallados y, al pie oriental de ellos, materiales sedimentarios del siguiente periodo: el Paleozoico Superior.
Cuencas hidrográficas de Madre de Dios. © “Atlas Departamental del Perú. Imagen geográfica, estadística, histórica y cultural”, N° 7, Madre de Dios-Ucayali, Peisa, Lima, 2003
La hidrografía correspondiente al sector de selva alta está constituida por las nacientes de ríos torrentosos de recorrido corto, que ya en su curso bajo (selva baja) alimentarán por la margen derecha al río Manú: ríos Sotileja, Cumerjali, Panagua, Juárez y Pinquén; y por su margen izquierda al río Alto Madre de Dios: ríos Sinquireni y Maestrón. La unión del río Maestrón con el río Piñi Piñi conserva el nombre de este último, el cual, al unirse con el río Pilcopata, forma el río Alto Madre de Dios. Entre las principales cochas que se forman a lo largo del río Manú se encuentran: Maizal, Cashu, Otora, Klaus, Gallareta, Panchita, Otorongo, Altamira, Juárez y Pinquén.
El accidente hidrográfico más importante en esta parte es el del pongoGarganta, desfiladero o cañón. de Córec, formado por el río Alto Madre de Dios cuando atraviesa la cordillera de Paucartambo (sector comprendido entre los cerros Teparo Punta y Pantiacolla).
Al sector de selva alta, según la clasificación de Köppen-Geiger, le corresponde un clima templado moderado lluvioso, propio de las yungas fluviales, donde los meses de invierno se presentan secos y los meses de verano se presentan lluviosos (la cantidad de precipitación del mes más lluvioso es 10 veces mayor que la del mes más seco). Cabe volver a mencionar que el subconjunto de ceja de selva, presente en las partes más altas, permanece frecuentemente cubierto de neblinas y nubosidad.
La interacción del clima con la geología presente en este sector ha conformado dos asociaciones de suelo conocidas como:
La capacidad del uso de los suelos del sector de selva alta es de dos tipos: tierras de protección y tierras aptas para producción forestal. Las tierras de protección se encuentran presentes en las cumbres del cerro de La Merced y en los lugares donde la pendiente es extremadamente pronunciada. Las tierras aptas para producción forestal se distribuyen en el resto del sector, pero con las limitantes de que son suelos que presentan una calidad agrológica media, además de sufrir procesos de erosión.
El sector de selva baja sale desde los 1.000 hasta los 200 m.s.n.m. En su parte central y norte presenta un relieve constituido por llanuras sin accidentes de importancia. Se trata de llanuras fluvio-aluviales formadas por tres y hasta cuatro niveles de terrazas. Las más bajas, periódicamente sometidas a inundaciones cuando los ríos se encuentran en etapa de creciente, son, por lo general, pantanosas. Tanto al oeste como al sur de este sector se encuentran colinas bajas que sirven de divisoria de aguas: Istmos de Fitzcarrald y estribaciones septentrionales de la cordillera de Carabaya o Sandia.
La geología del sector de selva baja se caracteriza por presentar los siguientes tipos de materiales: en la zona de colinas bajas ubicadas al oeste, al sur y en gran parte del área central, el material predominante está constituido por sedimentos acumulados y flexionados a lo largo del Terciario Superior. El otro tipo de material lo conforman los depósitos sedimentarios del Cuaternario acumulados a lo largo del curso de los principales ríos: de Las Piedras, Manú, Alto Madre de Dios, Madre de Dios e Inambari.
La hidrografía del sector de selva baja gira en torno a la red hídrica del Madre de Dios. Este río se forma de la confluencia de las aguas arcillosas y rojizas del río Manú con las aguas cristalinas del Alto Madre de Dios.
Una vez formado, el río Madre de Dios presenta una dirección este y, sobre la marcha, recibe por su margen derecha el aporte de los siguientes ríos: Blanco, Chilive, Colorado, Inambari y Tambopata. Cabe señalar que la cuenca de este último río compromete la Zona Reservada Tambopata-Candamos, área que está drenada por importantes ríos que se suman al río Tambopata, entre ellos los ríos Malinowsqui, Shatajaji y La Torre. Por su margen izquierda, el río Madre de Dios recibe los aportes de otros dos ríos que corren casi paralelos a éste, se trata de los ríos: Los Amigos y Las Piedras. Este últimos, mucho más caudaloso, cuenta con un número mayor de afluentes. Así tenemos que por su margen derecha confluyen los ríos José Prado (naciente principal), Bolognesi, Huacrachuco, Nepta, Seticayo, Oitiyacu, Chanchamayo, San Francisco, Lidia, Cariyacu y Pariamanu. Por su margen izquierda, el río Huáscar. Finalmente, el río Madre de Dios se dirige hacia la frontera con Bolivia, en donde recibe el aporte del río Heath. Tras ingresar a Bolivia, se denomina río Beni, y ya en Brasil, Madeira.
A lo largo de su recorrido, el río Madre de Dios forma cochas o lagunas entre las que destacan: Capiripe, Huacamayo, San Juan, Panacocha, Endora, Pichón, Caracol, Huitoto, Areque, Pastora Grande, Sandoval y Valencia.
Hasta el este y norte de la cuenca del río de Las Piedras, se encuentran ríos que presentan la misma dirección y que más hacia el Este confluirán con el Purús: el Manuripe, el Muymanu, el Tahuamanu y el Yaco.
El tipo de clima correspondiente al sector de la selva baja es, según clasificación de Köppen-Geiger, el ligado al del tipo sabana tropical periódicamente húmedo con precipitaciones anuales superiores a 1.000 mm (meses de diciembre a marzo). Existe un periodo de precipitaciones muy escasas (sin lluvias o seco en invierno) que abarca los meses de junio, julio y agosto. La temperatura media anual en la capital del departamento, Puerto Maldonado, es de 26°C, llegando inclusive a tener máximas de 38°C en los meses de agosto y septiembre. A veces, la temperatura experimenta un descenso que llega cerca de los 8°C, cuando esta parte del departamento sufre les influencias de masas de aire procedentes del sureste del continente. Localmente, este fenómeno se conoce como “surazo” o “friaje”.
La interacción del clima con la geología presente en este sector de selva baja ha ido conformando las siguientes asociaciones de suelos:
La capacidad de uso de los suelos del sector de selva baja es de cinco tipos: